肛門周圍及骶尾部也有許多瘺管，易被誤診為肛瘺，應加以鑒別。
(1)先天性直腸瘺：常開口于會陰或陰道，內口在肛管壁上，不在肛竇附近。
(2)肛門周圍化膿性汗腺炎：該病外口較多，侵犯廣泛，但無內口，與肛管無聯(lián)系。
(3)先天性瘺：由骶尾部囊腫化膿破裂形成，原發(fā)外口常在臀溝中點，尾骨尖附近。瘺內可見毛發(fā)，由胚胎發(fā)生。
(4)結核性肛瘺：內外口較大，邊緣不整齊，瘺管常無硬變。
(5)骶尾部瘺：常由臀部損傷，如打擊、腳踢和擦傷引起，在骶尾部形成膿腫，從而形成瘺管。
(6)會陰部尿道瘺：這種瘺管是尿道球部與皮膚相通，常在泌尿生殖三角區(qū)內，排尿時尿由瘺口內流出。瘺外口位置多數與肛瘺相似，但其由瘺外口排出者為尿液。尿道瘺常有外傷史和尿道狹窄，且不與直腸相通，肛管和直腸內無內口。
(7)先天性直腸瘺：常開口于會陰或陰道，內口在肛管壁上，不在肛竇附近。
(8)慢性結腸炎并發(fā)肛瘺。
(9)其他：如直腸尿道瘺、直腸膀胱瘺、直腸陰道瘺等，較易與肛瘺鑒別。
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