(1)HBV基因變異：HBV?DNA的變異，尤其是S區(qū)及前S區(qū)變異可影響HBV蛋白表達而導(dǎo)致HBsAg陰性。
(2)HBV病毒低水平復(fù)制，抗原表達量低：隱匿性HBV感染血清中HBV?DNA的水平較低，臨床常規(guī)酶免疫測定試劑靈敏度不能檢測出，是臨床診斷隱匿性HBV感染的主要原因。
(3)HBV整合到宿主染色體中：不論在急性和慢性HBV感染，HBV?DNA都能整合到肝細胞染色體DNA中，HBV?DNA的整合可導(dǎo)致病毒DNA序列重排，進而影響HBsAg表達。
(4)宿主免疫應(yīng)答異常：有力的細胞免疫介導(dǎo)的免疫應(yīng)答是終止HBV持續(xù)感染的主要機制，但在機體免疫功能低下或免疫耐受狀態(tài)下，可能無法清除低水平的病毒而出現(xiàn)隱匿性HBV感染。
(5)受其他病毒感染的干擾：HBV與其他嗜肝性病毒重疊感染時，可相互干擾導(dǎo)致HBV復(fù)制受限制而呈低水平。
(6)國產(chǎn)試劑的靈敏度和質(zhì)量問題：在我國HBV血清學(xué)標志檢測試劑的靈敏度可能是診斷隱匿性HBV感染的原因之一。
在我國的《慢性乙肝防治指南》中，按照循證醫(yī)學(xué)的原則，暫給出了1條解釋，即S基因變異可導(dǎo)致隱匿性HBV感染。
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