沙眼衣原體僅侵入瞼結(jié)膜及穹窿結(jié)膜上皮細(xì)胞，但引起的病理變化則達(dá)深部組織。潛伏期約為5～2日，通常侵犯雙眼，病人有異物感、畏光、流淚，有很多黏液或黏液性分泌物。沙眼性炎癥位于瞼結(jié)膜，開(kāi)始可見(jiàn)小的略帶白色的圓點(diǎn)狀改變，大小為0.2～2mm，稱其為濾泡。
有時(shí)尚可見(jiàn)到紅色點(diǎn)狀損害（乳頭）。在有嚴(yán)重炎癥時(shí)，由于結(jié)膜水腫增厚而使血管模糊，更嚴(yán)重者可侵犯角膜而發(fā)生角膜血管翳。瞼結(jié)膜充血、水腫、粗糙、乳頭肥大增生急性癥狀數(shù)周后可消退，進(jìn)入慢性期，此時(shí)可無(wú)任何不適或僅感覺(jué)眼部容易疲勞。如果此時(shí)治愈或自愈，可不留瘢痕。感染沙眼可以延續(xù)數(shù)年乃至數(shù)十年之久，因此許多人都拿沙眼不當(dāng)病。
但原發(fā)感染已使結(jié)膜組織對(duì)沙眼衣原體致敏，再遇沙眼衣原體時(shí)，則引起遲發(fā)超敏反應(yīng)。經(jīng)過(guò)多次的反復(fù)感染，加重原有的沙眼血管翳及瘢痕形成，晚期由于受累的瞼結(jié)膜發(fā)生瘢痕嚴(yán)重，使睫毛向內(nèi)倒長(zhǎng)，即形成倒睫。內(nèi)翻的睫毛摩擦角膜，致角膜損傷，加重角膜渾濁，睫毛持續(xù)地磨擦角膜引起白色瘢痕，可導(dǎo)致視力減退，甚至失明等后遺癥。除重復(fù)感染外，合并其他細(xì)菌性感染也使病情加重。
墨西哥國(guó)立理工學(xué)院生物學(xué)家伊爾瑪·德萊昂說(shuō)過(guò)，實(shí)際上沙眼的病體———沙眼衣原體可引發(fā)包括泌尿生殖系統(tǒng)感染等在內(nèi)的多種疾病。人體感染沙眼衣原體后，能產(chǎn)生短暫而又不太強(qiáng)的免疫力，因此沙眼患者經(jīng)常發(fā)生反復(fù)感染。她對(duì)沙眼患者眼部黏膜取樣進(jìn)行研究后發(fā)現(xiàn)，沙眼衣原體陽(yáng)性率極高，如治療不及時(shí)或不適當(dāng)，便會(huì)造成患者失明。德萊昂還說(shuō)，沙眼衣原體的患病人群主要集中在青壯年中，它能引發(fā)男女急性尿路綜合征。女性感染沙眼衣原體后，會(huì)引起子宮頸炎、陰道炎、尿道炎，甚至可能引起急、慢性輸卵管炎和盆腔炎等。孕婦如被沙眼衣原體感染，分娩時(shí)胎兒在通過(guò)產(chǎn)道時(shí)易發(fā)生眼部感染，引起新生兒眼炎和沙眼衣原體肺炎。
可見(jiàn)，沙眼是一種不可小視的疾病。得了沙眼要及時(shí)治療，以免引發(fā)其他感染和后遺癥的出現(xiàn)。
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